ダイヤフラムは材質を問わずサイズ毎に互換性がありますので、原則として変更、交換可能ですが、部品（コンプレッサ）を交換する必要があります。
下図の通り、ダイヤフラムはゴム製とPTFE製とで接続方法が異なります。
また、自動弁の場合は、ご使用頂いている駆動部のサイズによっては出力不足により正しく作動しないことも考えられますので、ダイヤフラム材質変更に至った理由なども含めて、当社営業までお問い合せください。